Свою трудовую биографию он начал плотником в Строительном управлении Улан-Удэнской ТЭЦ - 1.

После окончания в 1982 году Восточно-Сибирского государственного технологического университета по направлению «Электроснабжение промышленных предприятий городов и сельского хозяйства» Сергей Викторович работал в Якутии на обогатительном комплексе Удачнинского ГОКа, где прошел трудовой путь от электромонтера до заместителя главного энергетика комплекса.

После возвращения на родину трудился старшим инспектором, руководителем коммунально-бытовой группы Энергонадзора ОАО «Бурятэнерго», а затем начальником отдела лицензирования и сертификации, заместителем начальника Управления Бурятэнергонадзора.

С 2000 по 2003 год Сергей Черниговский занимал должность первого заместителя директора Энергосбыта ОАО «Бурятэнерго».

Затем он работал заместителем Председателя Госкомитета РБ по управлению автомобильными дорогами, заместителем руководителя Республиканского дорожного агентства.

С апреля 2006 года по настоящее время трудовая биография Сергея Черниговского была неразрывно связана с ОАО «Бурятэнерго». Он работал директором по транспорту электрической энергии, директором по реализации услуг, и, наконец, заместителем генерального директора по развитию и реализации услуг этой организации.